myelodysplastic syndrome (MDS) and chronic lymphocytic leukemia (CLL) - SF3B1

Mutations in the SF3B1 gene have been associated with a variety of diseases, including certain types of cancer, such as myelodysplastic syndrome (MDS) and chronic lymphocytic leukemia (CLL). Rarely, it is also found in other cancers, such as glaucoma melanoma and breast cancer.

In addition, SF3B1 (Splicing Factor 3b Subunit 1) is a gene that plays an important role in RNA splicing, a process of removing non-encrypting sequences (introns) from pre-mRNA and binding coding sequences (exons). (forms mature mRNA)


SF3B1 Mutation in MDS and CLL
In MDS, SF3B1 mutations are mainly found in patients with iron subcellularity, a type of MDS characterized by abnormal iron accumulation in red blood cell precursors.

SF3B1 mutations are associated with favorable prognosis in MDS patients, while SF3B1 mutations in CLL are also diagnosed at a younger age, and are associated with specific clinical and biological features, including mutated immunoglobulin heavy chain variable region (GHV) genes and disease progression more aggressive than MDS.

 

- SF3B1 on MDS

SF3B1 mutations are most commonly associated with a specific subtype of MDS called "MDS with ring sideroblasts" (MDS-RS). Ring sideroblasts are abnormal red blood cell precursors that contain excessive iron deposits in mitochondria. SF3B1 mutations are found in approximately 80-90% of MDS-RS cases.

Patients with MDS-RS with SF3B1 mutations tend to show distinct clinical characteristics, such as female dominance over other MDS subtypes, older at diagnosis, and better prognosis. SF3B1 mutations in MDS are typically heterozygous.



This means that only one copy of the SF3B1 gene is mutated.

 

- SF3B1 mutation in CLL

SF3B1 mutations are also observed in some patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL), a type of blood cancer characterized by accumulation of mature B cells. SF3B1 mutations in CLL are relatively rare compared to other genetic mutations, and occur in approximately 5-15% of CLL cases. SF3B1 mutations in CLL are associated with adverse prognostic markers.

 

SF3B1 mutations can cause abnormal RNA splicing, causing changes in gene expression and protein production.





 

 

Exons 14, 15, and 16 in SF3B1: Exons 14, 15 and 16
 

Exxon is a coding region of genes that is transcribed into mRNA and eventually translated into proteins.

Exxon 14, 15, and 16 represent specific segments within the SF3B1 gene.

These mutations in exons are particularly associated with blood malignancies such as MDS and CLL.

Exxon is a specific segment of the gene that contains the coding region and information and is divided into non-coding regions called introns.

Exxon 14, 15, and 16 of the SF3B1 gene have been found to be frequently mutated in various cancers.



 

Sanger Sequencing


Chain Termination Sequencing is a widely used method for DNA sequencing.

It relies on the integration of chain-terminating deoxynucleotides during DNA replication.

It is a technology that amplifies the target DNA site using PCR (Polymerase Chain Reaction) and then sequences the amplified DNA

Each sequencing reaction contains a small amount of chain terminating nucleotides that induce the synthesis of DNA fragments of varying lengths.

The generated fragments are separated by size using capillary electrophoresis, and different termination points can be read to determine the sequence.

Sanger sequencing is commonly used to analyze specific gene regions or to determine the presence of specific mutations in samples.

DNA Extraction: DNA is isolated from a sample, such as blood, tissue, or cell, for research or diagnostic purposes.
PCR Amplification: Polymerase Chain Reaction (PCR) is used to amplify specific exons or regions of interest in genomic DNA. A PCR primer designed to be on the side of the target exon is used to selectively amplify the area.
Sequencing Reactions: amplified DNA fragments are applied to sequencing reactions using DNA polymerase, DNA primers, and fluorescently labeled chain terminated deoxynucleotides (ddNTPs). These ddNTPs terminate DNA synthesis at each base location, producing a series of DNA fragments of different lengths from one base to another.
Electrophoresis: Separate the sequencing product by size using a capillary electrophoresis. DNA fragments travel through capillaries filled with polymer matrices, while fragments of different sizes are detected and recorded based on fluorescent signals.
Data Analysis: Analyze the generated sequence data to determine the DNA sequence of the Exxon examined. Sequences are compared to reference sequences to identify commonly existing differences or mutations.