코로나 ORF1ab(Open Reading Frame 1ab) 및 E(Envelope) 유전자

ORF1ab(Open Reading Frame 1ab) 및 E(Envelope) 유전자는 바이러스 감염 감지를 위한 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석과 같은 분자 진단 테스트에서 종종 표적으로 삼는 두 가지 핵심 유전자입니다. 이 유전자는 특히 코로나19를 담당하는 바이러스인 SARS-CoV-2와 관련이 있습니다. 

 

ORF1ab(RdRp) 유전자

1. 표적 유전자 정보: Taget ORF1ab(RdRp) 
   • ORF1ab는 Open Reading Frame 1ab를 의미하고, RdRp는 RNA-dependent RNA Polymerase를 의미합니다. ORF1ab 유전자는 RNA 의존성 RNA 중합효소를 비롯한 다양한 비구조 단백질로 절단되는 다단백질을 암호화합니다.
2. 긍정적인 결과:
   • ORF1ab(RdRp) 유전자에 대한 양성 결과는 테스트 중인 샘플에 바이러스 RNA가 존재한다는 것을 나타냅니다. 이는 바이러스(이 경우 SARS-CoV-2)에 대한 활성 감염을 암시합니다.
3. 정량화:
   • 일부 검사에서는 검체에 존재하는 바이러스 RNA의 양을 나타내는 정량적 데이터를 제공합니다. 양이 많을수록 바이러스 부하가 높아질 수 있으며 이는 감염의 심각도와 상관관계가 있을 수 있습니다.
4. 확인:
   • ORF1ab 유전자에 대한 양성 결과는 위양성의 위험을 줄이기 위해 추가 표적 유전자를 테스트하여 확인되는 경우가 많습니다.

 

E 유전자

1. 표적 유전자 정보: E gene
   • E 유전자는 새로운 바이러스 입자의 조립 및 방출에 관여하는 바이러스 외피 단백질을 암호화합니다.
2. 긍정적인 결과:
   • E 유전자에 대한 양성 결과는 다른 양성 결과와 함께 SARS-CoV-2 RNA의 존재를 추가로 확인합니다. 이 유전자는 종종 검사의 특이성을 높이기 위해 추가 표적으로 사용됩니다.
3. 확인:
   • E 유전자는 일반적으로 N(nucleocapsid) 유전자 등 다른 표적 유전자와 결합하여 양성 결과를 확인하고 검사의 신뢰성을 높이는 데 사용됩니다.

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결합된 결과의 해석

1. 단일 유전자 양성:
   • 유전자(예: ORF1ab) 중 하나만 양성인 경우에도 SARS-CoV-2 감염을 나타낼 수 있지만 추가 표적 유전자를 통한 확인이 권장됩니다.
2. 다중 유전자 양성:
   • ORF1ab 및 E 유전자와 기타 관련 표적이 모두 양성인 경우 SARS-CoV-2 감염 진단을 강력히 뒷받침합니다.
3. 음성 결과:
   • 음성 결과가 감염을 배제하지는 않습니다. 특히 바이러스 수치가 낮거나 감염 초기 또는 후기 단계에서 검체를 채취한 경우에는 더욱 그렇습니다. 임상적 상관관계와 추가 검사가 필요할 수 있습니다.

그리고 사용된 특정 PCR 분석 또는 테스트 프로토콜에 따라 해석이 약간 다를 수 있다는 점에 유의하는 것이 중요합니다.

 

 

정량적 PCR(qPCR) 및 Ct 값

1. Ct 값:
   • 정량적 PCR(qPCR)에서는 주기 역치(Ct) 값이 중요한 매개변수입니다. 이는 형광 신호가 미리 정해진 임계값을 초과하는 사이클 수를 나타냅니다.
   • Ct 값이 낮을수록 샘플 내 표적 유전자의 농도가 높다는 것을 의미합니다. Ct 값이 높을수록 농도가 낮다는 것을 의미합니다.
2. Ct 값의 해석:
   • 낮은 Ct 값(초기 증폭)은 바이러스 수치가 높음을 의미할 수 있으며 감염성 증가와 관련될 수 있습니다.
   • 높은 Ct 값(후기 증폭)은 바이러스 수치가 낮다는 것을 의미할 수 있으며 경우에 따라 비감염 단계 또는 감염의 초기/후기 단계를 나타낼 수도 있습니다.

임상 상관관계

1. 증상 및 임상적 맥락:
   • 결과는 임상 증상, 노출 이력, 감염 단계 등을 종합적으로 고려해 해석해야 합니다.
   • 무증상자는 바이러스 수치가 낮을 수 있으며, 증상이 호전된 후에도 양성반응을 보이는 경우도 있습니다.
2. 질병 진행 모니터링:
   • 시간 경과에 따른 Ct 값 모니터링을 통한 연속 테스트는 감염의 진행 또는 해결에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다.
   • Ct 값이 감소하면 바이러스 양이 증가한다는 의미일 수 있고, Ct 값이 증가하면 바이러스 양이 감소한다는 의미일 수 있습니다.

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품질 관리

1. 내부 통제:
   • PCR 분석에는 테스트의 신뢰성을 보장하기 위해 내부 대조 물질이 포함되는 경우가 많습니다. ( pcr 진행시 NCP C Control : 음성 양성 대조물질)
   • 유효한 테스트에는 내부 대조물질의 검출, 시료의 적절성 및 분석법의 적절한 기능 확인이 포함되어야 합니다.
2. 긍정성의 기준:
   • 실험실에서는 검증 연구를 기반으로 양성에 대한 특정 임계값을 설정합니다. 실험실에서 설정된 임계값을 이해하는 것은 결과 해석에 매우 중요합니다.

 

1.  

해석 지침은 진행 중인 연구 및 공중 보건 고려 사항에 따라 발전할 수 있다는 점에 유의하는 것이 중요합니다.